En 1697 el último gran maestre de la dinastía comnena, sin sucesión, hizo cesión de su dignidad a favor de Francisco I Farnesio, duque soberano de Parma; acto que fue aprobado por el papa Inocencio XII mediante la bula Sincerae Fidei de 29 de octubre de 1699 y también por el emperador Leopoldo. Una bula posterior de Clemente XI (quién había sido cardenal protector de la Orden), titulada Militantis Ecclesiae (1718), estableció que la sucesión en la Orden quedaría vinculada al primogénito farnesiano, con independencia de la dignidad de duque de Parma; la Orden Constantiniana mantuvo así -y hasta nuestros días- su carácter eminentemente dinástico y no de Estado.

La Orden Constantiniana es la única orden religiosa-militar independiente de un estado y de ámbito internacional que ha pervivido con un gran magisterio hereditario. Durante el breve período de magisterio farnesiano, la Orden Constantiniana vivió uno de sus períodos de mayor esplendor, renaciendo con vigor de centurias de silente declive.

Francisco Farnesio concibió el magisterio de la Orden como una forma de revestir a su pujante dinastía, con el aura mesiánica de un legado caballeresco e imperial. Bajo su mandato la Iglesia de la Steccatta, en Parma, se convirtió en sede canónica de la Orden y Basílica Magistral (1718), por disposición del Papa Clemente XI. El duque Francisco, conformó varios regimientos constantinianos (cuyos oficiales debían ser todos miembros de la Sacra Milicia) y los envió a combatir a los turcos que desde Croacia amenazaban la
península italiana, respondiendo así a la llamada de la Santa Sede.